Ajuda: Etapa 5
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|{{TutorialImage|clock_bmal1_binding.png}} | |{{TutorialImage|clock_bmal1_binding.png}} | ||
Revision as of 22:33, 28 March 2011
Contents |
Relógio e Bmal1 dimerizam e se ligam ao elemento do E-box-
Para ativar os genes-alvo da via relógio circadiano, o relógio e Bmal1 proteínas dimerizam e o heterodímero resultante vai ligar o E- box aos elementos dos genes-alvo para ativar a transcrição. Estamos indo agora para chamar a este processo em nosso caminho, tornando-se assim:
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1. Desenhe o Relógio / Bmal1 no estado separado e dimerizado
| Drawing the dimerization and binding to the E-box element |
Arraste o relógio e gene Bmal1 produtos para posicioná-los acima da ilustração caixa de e-mail previamente elaborado. Use o http://svn.bigcat.unimaas.nl/wikipathways/trunk/wpi/images/tutorial/ aligncentery.gif alinhar centro horizontal botão para alinhar os dois genes produtos horizontalmente. Agora copie e cole os dois elementos e colocá-los abaixo do outro, como na imagem acima. O fundo Clock/Bmal1 refere-se ao heterodímero e isto é ilustrado pelo empilhamento de duas caixas de produtos de genes horizontalmente. Você pode facilmente pilha de vários elementos, selecionando-os e clicando no http://svn.bigcat.unimaas.nl/wikipathways/trunk/wpi/images/tutorial/ stackhorizontalcenter.gif pilha horizontal botão. Finalmente, você pode especificar que as duas proteínas estão em estado dimerized. Para fazer isso, selecione as duas caixas de produtos de genes e selecione "Criar complexo" no menu do botão direito do mouse, ou pressionando Ctrl-P . Agora você verá uma caixa cinza delimitadora em torno das duas caixas do produto do gene.
2. Desenho de eventos dimerizado
O evento real de dimerização é puxado por duas setas curvas e um ponto a partir de elementos individuais que representam os estados separados e o elemento complexo que representa o estado dimerizado. Para desenhar uma dimerização, primeiro desenhe duas setas apontando diretamente para o complexo relógio/Bmal1, um elemento separado do Bmal1 e um do elemento Relógio separado. Você vai notar que, enquanto você está movendo um ponto de início ou fim da linha, um outro elemento fica perto formando pequenos novilhos:
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Esses objetos são chamados de link âncoras e pode ser usado para conectar as extremidades de linha para elementos no caminho. Quando você move o final de uma linha perto de um link de âncora, haverá união e uma linha será conectada à forma correspondente. Isto significa que a linha vai ficar com a forma quando você movê-lo. Você pode liberar a conexão movendo o final da linha de distância do link da âncora. Observe que quando você se move sobre um grupo ou complexos, os limites de grupo também irá mostrar as âncoras link. Por exemplo, se você mover o ponto sobre o complexo Clock/Bmal1, você vai ver os conectores para as caixas de cada produto do gene eo complexo:
| Connect to element within the complex | Connect to the complex |
|---|---|
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Neste caso, nós queremos conectar o ponto final das linhas para o complexo, uma vez que a linha representa a transição da proteína separada para o dímero.
Note: É bom hábito conectar as linhas em seu caminho sempre que puder. Isto torna mais fácil a mudança do layout das vias, se necessário , no futuro, porque quando você mover um objeto, as linhas conectadas vão ficar livres com ele. Outra vantagem de definir as conexões é que ela permite a conversão de um gráfico. Quando as interações entre as entidades no caminho são explicitamente definidas, esta informação pode ser usada para propósitos computacionais. Por exemplo, a via pode ser convertida em uma rede Cytoscape para executar algoritmos de análise de vários gráficos (ver http://www.cytoscape.org).
Para fazer com que as duas setas fiquem mais visualmente atraente, você pode mudar seu tipo. Aqui vamos alterar o tipo de linha para "curvo", para criar um conector que suavemente curvas desde o início até o objeto final. Alterar o tipo de linha de ambas as linhas, com um clique direito sobre a linha e escolher Linha tipo> curvas . Você verá que a linha passará a curva em direção ao complexo relógio/Bmal1.
| Default line type | After setting line type to 'curved' |
|---|---|
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3. Ligação do dímero Clock/Bmal1 para o de E- box
Finalmente vamos desenhar como o relógio/Bmal1 liga-se ao elemento de E-box. Copie o dímero relógio/Bmal1 e coloque a cópia acima do E-box. Agora, desenhe uma linha no topo para o fundo do dímero-dímero e conecte os pontos iniciais e finais para os dímeros. Next step | Index
