Ajuda: Etapa 4
From WikiPathways
Ilustração do realçador E- box
| Drawing the E-box element |
Genes-alvo da via relógio circadiano conter o E-boxelementos enhancer cis-regulação. O heterodímero Bmal1/Clock ativa diretamente a expressão destes genes pela ligação com a seqüência caixa de e-mail. Nesta seção, vamos desenhar uma ilustração desse processo. Vai tornar-se um elemento puramente visual da via, por isso não é anotado para qualquer banco de dados biológicos e será adicionado para efeito ilustrativo apenas.
Note: Nesta WikiPathways tutorial e depois, você vai ver muitos elementos em uma via que tem um significado biológico claramente definido e pode ser anotado para um banco de dados externo. Exemplos são seqüências genômicas, SNPs, locais de celular, tipos de interação. Estamos trabalhando no apoio a estes tipos de anotações em versões futuras.
O vídeo da direita mostra como desenhar o elemento de caixa eletrônico, que no final será parecido com este:
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Abaixo está uma descrição passo-a-passo de como criar um elemento:
1. Desenho de uma linha horizontal
Comece com uma linha horizontal, clicando no menu botão "linha" http://svn.bigcat.unimaas.nl/wikipathways/trunk/wpi/images/tutorial/ newlinemenu.gif suspenso e selecione o botão linha. Depois, vá até o local do desenho onde você deseja que a linha comece. Pressione o botão do mouse pressionado, arraste o mouse para a direita (mantendo o botão pressionado!) e solte o botão no local onde você deseja que a linha fique. Você pode modificar a localização dos pontos de início e término, arrastando as alças (quadrados amarelos). Você pode modificar a localização de toda a linha, clicando na linha em si e arrastando-o.
Note: Você pode facilmente fazer uma linha perfeitamente horizontal ou vertical, segurando a tecla Shift em seu teclado enquanto estiver movendo um fim de linha. Isso irá tirar os ângulos de linhas fixas.
2. Copiar / colar a linha
Queremos agora uma segunda linha horizontal de mesmo comprimento e paralela à primeira linha. Portanto, vamos copiar a linha a partir da etapa anterior. Selecione a linha, clicando sobre ela, a linha ficará vermelha e as duas alças serão visíveis. Agora clique no http://svn.bigcat.unimaas.nl/wikipathways/trunk/wpi/images/tutorial/ copy.gif botão cópia. A linha é copiada para o clipboard do sistema. Você pode colar uma cópia da linha, pressionando a http://svn.bigcat.unimaas.nl/wikipathways/trunk/wpi/images/tutorial/ paste.gif botão colar. Uma cópia da linha agora aparece um pouco abaixo da linha original.
3. Alinhamento de duas linhas na vertical
Para colocar as linhas exatamente abaixo do outro, selecione ambas as linhas e pressione a tecla http://svn.bigcat.unimaas.nl/wikipathways/trunk/wpi/images/tutorial/ aligncenterx.gif botão alinhar centro horizontal. Você pode selecionar vários objetos pressionando o mouse em uma parte vazia do desenho, para isto, mantenha o botão do mouse pressionado e arraste o mouse para incluir ou excluir elementos da seleção. Você também pode marcar ou desmarcar vários objetos clicando neles enquanto mantém a tecla Shiftno seu teclado.
4. Criação de Etiquetas
Agora temos duas linhas horizontais paralelas, que representam um pedaço de DNA. Podemos identificar a caixa de E-região, colocando uma etiqueta sobre as linhas. Para adicionar uma etiqueta use http://svn.bigcat.unimaas.nl/wikipathways/trunk/wpi/images/tutorial/ newlabel.gif botão rótulo.
5. Definir o texto do rótulo de "caixa-E"e aplicar o esquema 'quadrado'
Propriedades das etiquetas podem ser editadas na tabela Propriedades. Defina a propriedade texto da etiqueta em 'E-box "com um duplo clique na célula na coluna relacionada:{|class=prettytable
|
.
|}
Da mesma forma, você pode definir um contorno retangular, selecionando o Retângulo para o esquema Propriedade. Finalmente, use as alças para redimensionar o rótulo para que este se encaixe exatamente entre as duas linhas horizontais.
6. Copie / cole o texto do rótulo e mude para 'Gene'
O downstream do elemento de caixa eletrônico é o gene que será ativado. Podemos denotar esta com um rótulo também. Copie / cole o rótulo e altere o texto para "genes", uma vez que usamos um único elemento para representar múltiplos genes que são activados. Arraste o rótulo para colocá-lo na posição correta.
7. Desenho de símbolo para início de transcrição
Para tornar claro que os genes downstream do elemento de caixa de E-box são transcritas após a ativação, o símbolo a seguir é usado:
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Este símbolo é feito de uma linha vertical e seta horizontal. Desenhe a linha e a seta usando o http://svn.bigcat.unimaas.nl/wikipathways/trunk/wpi/images/tutorial/ newline.giflinhae http://svn.bigcat.unimaas.nl/wikipathways/trunk/wpi/images/tutorial/ newarrow.gifo botão seta e coloque-os corretamente, arrastando as alças.
8. Grupo de todas as linhas e etiquetas
Para torná-lo mais fácil de lidar com a ilustração E-box, você pode agrupá-la. Desta forma, os elementos serão selecionados em conjunto, para que você possa mover o grupo como um todo, ao invés de ter que mover cada elemento separadamente. Para criar o grupo, selecione todas as linhas e etiquetas que você criou nas etapas anteriores, clique com o botão direito sobre uma das linhas e selecione Grupo Grupo-> no menu pop-up de imprensa, ou CTRL-G '" no teclado. Você pode desagrupar os elementos agrupados pelo botão direito do mouse e selecionar o grupo Grupo-> Desagrupar, ou pressionando CTRL-Gnovamente. Next step | Index
