Help:Portuguese:Tutoriais:Etapa 3

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As proteínas da via relógio circadiano

Adding a gene-product

Este percurso é formado por interações entre as proteínas seguinte:

Name Identifier Database
Bmal1 ENSMUSG00000055116 Ensembl
Clock ENSMUSG00000029238 Ensembl
Cry1 12952 Entrez Gene
Cry2 12953 Entrez Gene
Per1 ENSMUSG00000020893 Ensembl
Per2 ENSMUSG00000055866 Ensembl


Uma boa maneira de começar a desenhar o caminho é acrescentar as proteínas. Em uma via WikiPathways, todas as entidades biológicas com uma anotação são armazenados como um DataNode. O DataNode podem ter tipos diferentes, neste caso, escolher o tipo produto do gen. Para adicionar um gene produto clique no botão newgeneproduct.gif gene produto, clicando em seguida na área de desenho sobre o local que você deseja que o elemento seja adicionado. Repita este procedimento para adicionar 6 gene-produtos. Seu caminho agora é algo como isto:

step3.png

Anotação de DataNodes

Annotate a datanode

Agora você está começando anotar o DataNodes e definir um rótulo de texto adequado. DataNodes podem ser anotados usando um identificador disponível datasources. Um percurso com DataNodes anotada tem várias vantagens:

  • Informações detalhadas sobre a entidade está diretamente disponível no backpage panel
  • A página fornece links de vias diretos para informação estendido no website para anotação na base de dados (e.g. Ensembl)
  • O caminho pode ser usado para a análise computacional, por exemplo, visualização com GenMAPP ou estatísticas com Eu.gene ou MAPPFinder

Para anotar um DataNode, vá para a aba anotações na janela de propriedades, clicando duas vezes no DataNode ou escolha 'propriedades' no menu do botão direito. Abaixo está um screenshot da janela de anotações:

datanode_annotation.png

Neste diálogo, você precisa definir o identificador de fonte de dados e um rótulo de texto que será exibido no caminho. Você pode preencher manualmente esses valores ou pesquisar no banco de dados de sinônimos. Para procurar uma anotação, preencha o termo de busca e pressione o botão de pesquisa. Se não houver resultados, você pode selecionar o identificador / base de dados que você quer usar e será automaticamente preenchido os campos na entrada manual . O texto que você digitar no campo rótulo do texto será exibido no caminho e não afeta a anotação.

Depois de anotar um DataNode, você pode clicar sobre o DataNode para ver se está corretamente anotado. O identificador pode ser encontrado no banco de dados, a informação de anotação vai aparecer no Verso guia do painel lateral:

backpage.png

Note: Se você tentar procurar Bmal1, você vai perceber que ele não é encontrado. Isto porque este gene em particular tem dois nomes sinônimos (Bmal1 e Arntl1), mas apenas este último está armazenado no banco de dados interno. No entanto, uma vez que temos um ID válido Ensembl ainda podemos anotar este gene manualmente. Basta preencher o ID Ensembl e Bmal1 nos campos. Você pode verificar o Verso para confirmar a entrada manual de referência cruzada. è importante definir datanode que é uma entidade em um caminho que pode conter dados, como uma caixa gene ou uma caixa de metabolito.

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