Help:Portuguese:Editing Pathways
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| - | A edição para o caminho (via) para WikiPathways é feito em uma versão integrada do [http://wiki.bigcat.unimaas.nl/pathvisio/Main_Page PathVisio program]. PathVisio suporta um número de ferramentas de desenho, bem como uma interface para a ligação de objetos sobre os caminhos para um banco de genes subjacentes. Para obter instruções detalhadas sobre como usar o programa PathVisio consulte a [ | + | A edição para o caminho (via) para WikiPathways é feito em uma versão integrada do [http://wiki.bigcat.unimaas.nl/pathvisio/Main_Page PathVisio program]. PathVisio suporta um número de ferramentas de desenho, bem como uma interface para a ligação de objetos sobre os caminhos para um banco de genes subjacentes. Para obter instruções detalhadas sobre como usar o programa PathVisio consulte a [http://www.pathvisio.org/wiki/PathVisioHelp documentação PathVisio] e [http://www.pathvisio.org/wiki/PathVisioFaq PathVisio FAQ]. |
Além das características do desenho descrito para o programa PathVisio webstart, o WikiPathways editor embutido tem alguns recursos adicionais. | Além das características do desenho descrito para o programa PathVisio webstart, o WikiPathways editor embutido tem alguns recursos adicionais. | ||
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==== Adição, Seleção,Dimensão e Movimentação de Objetos ==== | ==== Adição, Seleção,Dimensão e Movimentação de Objetos ==== | ||
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==== Agrupamento de Objetos ==== | ==== Agrupamento de Objetos ==== | ||
Para agrupar objetos, primeiro selecione os objetos a serem agrupados por clique e arraste. O agrupamento dos objetos pode ser feito de duas maneiras: ou clique com o botão direito e selecione Grupo no menu de contexto ou clique ^ G no seu teclado. | Para agrupar objetos, primeiro selecione os objetos a serem agrupados por clique e arraste. O agrupamento dos objetos pode ser feito de duas maneiras: ou clique com o botão direito e selecione Grupo no menu de contexto ou clique ^ G no seu teclado. | ||
A exibição de objetos agrupados não muda uma vez que os objetos são agrupados. Quando o cursor é colocado sobre um grupo, uma estrutura de caixa de tópicos aparecerá destacando os objetos agrupados. [http://www.youtube.com/watch?v=mAultpJCLJk&fmt=18 Assista ao vídeo]. | A exibição de objetos agrupados não muda uma vez que os objetos são agrupados. Quando o cursor é colocado sobre um grupo, uma estrutura de caixa de tópicos aparecerá destacando os objetos agrupados. [http://www.youtube.com/watch?v=mAultpJCLJk&fmt=18 Assista ao vídeo]. | ||
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====Representação de Complexos ==== | ====Representação de Complexos ==== | ||
Para criar um complexo, primeiro selecione os objetos no complexo de clicar e arrastar. Criando o complexo pode ser feito de duas maneiras: ou clique com o botão direito e selecione Grupo no menu de contexto ou clique ^ P em seu teclado. | Para criar um complexo, primeiro selecione os objetos no complexo de clicar e arrastar. Criando o complexo pode ser feito de duas maneiras: ou clique com o botão direito e selecione Grupo no menu de contexto ou clique ^ P em seu teclado. | ||
A exibição de um complexo inclui uma estrutura de tópicos em caixa em torno do grupo. [http://www.youtube.com/watch?v=A7ryJwV4Y00&fmt=18 Assista ao vídeo]. | A exibição de um complexo inclui uma estrutura de tópicos em caixa em torno do grupo. [http://www.youtube.com/watch?v=A7ryJwV4Y00&fmt=18 Assista ao vídeo]. | ||
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==== Seleção de Objetos Agrupados e Complexos ==== | ==== Seleção de Objetos Agrupados e Complexos ==== | ||
Os objetos agrupados e complexos podem ser selecionadas como um grupo, ou como objetos individuais. Para selecionar o grupo como um todo (todos os objetos do grupo), clique em qualquer parte do esboço em caixa em torno do grupo. Para complexos, este esquema irá estar sempre visível, e para grupos, este contorno será visível apenas quando o cursor é posicionado sobre o grupo. Para selecionar um objeto individual em um grupo, clique no objeto diretamente. | Os objetos agrupados e complexos podem ser selecionadas como um grupo, ou como objetos individuais. Para selecionar o grupo como um todo (todos os objetos do grupo), clique em qualquer parte do esboço em caixa em torno do grupo. Para complexos, este esquema irá estar sempre visível, e para grupos, este contorno será visível apenas quando o cursor é posicionado sobre o grupo. Para selecionar um objeto individual em um grupo, clique no objeto diretamente. | ||
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==== Criação de Curvas, Linhas e Linhas de Cotovelada Composta ==== | ==== Criação de Curvas, Linhas e Linhas de Cotovelada Composta ==== | ||
Por motivos de layout e para representar adequadamente interações biológicas, linhas curvas ou uma cotovelada às vezes são ideais. Para criar uma linha curva ou uma cotovelada, primeiro crie uma nova linha, selecionando o objeto da linha da barra de ferramentas e soltá-lo na tela. Botão direito do mouse na linha e no tipo de linha, selecione a curva ou cotovelo. A opção Curved vai produzir uma linha curva, com bordas lisas, enquanto que a opção Elbow vai criar uma linha curva com 90 arestas grau. Para posicionar a linha, coloque os pontos finais para os objetos desejados, conforme descrito acima. O formato da linha curva ajusta automaticamente para ajustar o layout dos objetos que você está se conectando. Você também pode alterar o formato da linha manualmente, arrastando os pontos de passagem (diamantes azuis) na linha. | Por motivos de layout e para representar adequadamente interações biológicas, linhas curvas ou uma cotovelada às vezes são ideais. Para criar uma linha curva ou uma cotovelada, primeiro crie uma nova linha, selecionando o objeto da linha da barra de ferramentas e soltá-lo na tela. Botão direito do mouse na linha e no tipo de linha, selecione a curva ou cotovelo. A opção Curved vai produzir uma linha curva, com bordas lisas, enquanto que a opção Elbow vai criar uma linha curva com 90 arestas grau. Para posicionar a linha, coloque os pontos finais para os objetos desejados, conforme descrito acima. O formato da linha curva ajusta automaticamente para ajustar o layout dos objetos que você está se conectando. Você também pode alterar o formato da linha manualmente, arrastando os pontos de passagem (diamantes azuis) na linha. | ||
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{|class="prettytable" | {|class="prettytable" | ||
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* Ordem> Enviar para trás: Envia o objeto selecionado para trás uma camada | * Ordem> Enviar para trás: Envia o objeto selecionado para trás uma camada | ||
* Adicionar referência da literatura: Referências bibliográficas podem ser adicionados por qualquer objeto, inserindo um PMID ou digitando manualmente as informações sobre os autores, revista, etc | * Adicionar referência da literatura: Referências bibliográficas podem ser adicionados por qualquer objeto, inserindo um PMID ou digitando manualmente as informações sobre os autores, revista, etc | ||
| - | * Propriedades: ' | + | * Propriedades: '''Comentários''', '''Literatura''' e '''Anotação''' dos objetos podem ser visualizados e editados através da janela Propriedades. |
==== Salvar para WikiPathways.org ==== | ==== Salvar para WikiPathways.org ==== | ||
| - | Você pode salvar seu caminho diretamente para WikiPathways clicando no botão "Salvar o caminho para WikiPathways.org" [[ | + | Você pode salvar seu caminho diretamente para WikiPathways clicando no botão "Salvar o caminho para WikiPathways.org" [[Image:SavetoWP.png]] botão na barra de ferramentas |
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| - | + | == Edição de Campos de Textos == | |
| - | Cada | + | Os campos de texto na ''página Caminho'' é editado como qualquer outro texto em um wiki. Consulte a [http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Wikitext WikiMedia] site para mais detalhes sobre a formatação. |
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| + | ==== Descrição ==== | ||
| + | Cada ''página Caminho'' inclui a secção '''Descrição''' um, que contém informações sobre o processo biológico descrito na via. A descrição pode ser editada clicando no link Editar à direita da seção de descrição. | ||
==== Bibliografia==== | ==== Bibliografia==== | ||
| - | Cada | + | Cada ''página Caminho'' inclui seção '''Bibliografia''' a, projetado para armazenar informações de referência relevantes para o caminho. Ao editar um caminho no editor, quaisquer referências a publicações, livros e sites podem ser acrescentadas a esta secção com o botão direito do mouse em qualquer objeto na via e selecionando ''Add'' ou ''Edit'' do ''Literatura'' menu. Detalhes sobre como incorporar referências na literatura podem ser encontrados [[Help:Portuguese:LiteratureReferences | aqui]]. |
==== Categorias==== | ==== Categorias==== | ||
| - | Cada via é classificada em uma ou várias categorias, listados em''categorias''. A atribuição da categoria pode ser editado ou novas categorias adicionadas ao caminho clicando no link Editar à direita da seção Categorias. | + | Cada via é classificada em uma ou várias categorias, listados em ''categorias''. A atribuição da categoria pode ser editado ou novas categorias adicionadas ao caminho clicando no link Editar à direita da seção Categorias. |
==== Criar um novo caminho ==== | ==== Criar um novo caminho ==== | ||
| - | Você pode criar um novo caminho na WikiPathways clicando no botão [[ | + | Você pode criar um novo caminho na WikiPathways clicando no botão [[:Special:CreatePathwayPage|Criar novo caminho]] link no painel de navegação do lado esquerdo de cada página. Para mais detalhes sobre como criar um novo caminho, consulte a [[:Help:Portuguese:New Contributor Quickstart|Novo Colaborador Quickstart]] guia. |
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Além de editar os campos de texto em um Pathway Page, esta wiki também suporta a capacidade de editar o caminho em si! Clique em Editar caminho em qualquer página de caminhoe uma versão integrada do PathVisio programação será aberta com o caminho atual carregado. Você pode adicionar, editar ou apagar o conteúdo da via. Quando você salvar, as versões atualizadas das imagens, texto controlado, serão gerados dados de arquivos ficando disponível no site imediatamente.
Experimente no Sandbox pathway!
Editando Imagem no Pathway
A edição para o caminho (via) para WikiPathways é feito em uma versão integrada do PathVisio program. PathVisio suporta um número de ferramentas de desenho, bem como uma interface para a ligação de objetos sobre os caminhos para um banco de genes subjacentes. Para obter instruções detalhadas sobre como usar o programa PathVisio consulte a documentação PathVisio e PathVisio FAQ. Além das características do desenho descrito para o programa PathVisio webstart, o WikiPathways editor embutido tem alguns recursos adicionais.
Adição, Seleção,Dimensão e Movimentação de Objetos
Para obter instruções sobre recursos básicos de edição, consulte a documentação PathVisio.
Agrupamento de Objetos
Para agrupar objetos, primeiro selecione os objetos a serem agrupados por clique e arraste. O agrupamento dos objetos pode ser feito de duas maneiras: ou clique com o botão direito e selecione Grupo no menu de contexto ou clique ^ G no seu teclado. A exibição de objetos agrupados não muda uma vez que os objetos são agrupados. Quando o cursor é colocado sobre um grupo, uma estrutura de caixa de tópicos aparecerá destacando os objetos agrupados. Assista ao vídeo.
Representação de Complexos
Para criar um complexo, primeiro selecione os objetos no complexo de clicar e arrastar. Criando o complexo pode ser feito de duas maneiras: ou clique com o botão direito e selecione Grupo no menu de contexto ou clique ^ P em seu teclado. A exibição de um complexo inclui uma estrutura de tópicos em caixa em torno do grupo. Assista ao vídeo.
Seleção de Objetos Agrupados e Complexos
Os objetos agrupados e complexos podem ser selecionadas como um grupo, ou como objetos individuais. Para selecionar o grupo como um todo (todos os objetos do grupo), clique em qualquer parte do esboço em caixa em torno do grupo. Para complexos, este esquema irá estar sempre visível, e para grupos, este contorno será visível apenas quando o cursor é posicionado sobre o grupo. Para selecionar um objeto individual em um grupo, clique no objeto diretamente.
| Selecting whole group |
|---|
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| Selecting single grouped object |
|---|
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Adição de Conectores entre os Objetos
Objetos de linha de conexão com o gene e os objetos de metabólito nas vias são importantes para armazenar adequadamente as interações biológicas que o caminho representa. Para ligar o final de uma linha de um gene ou metabólito, selecione o ponto final da linha e arraste-o perto do objeto que você deseja se conectar a ele. Um conjunto de pontos de ancoragem aparecerá no contorno do objeto. Arraste o fim da linha sobre qualquer um desses pontos de ancoragem, até o ponto de ancoragem fica verde, em seguida, deixar de ir ao fim da linha. Isto irá ligar o fim da linha para o ponto de ancoragem do objeto.
| Adding connectors |
|---|
|
Objetos que possuem pontos de ancoragem que pode ser conectado a linhas são dados os nós, metabólitos, etiquetas e objetos gráficos. Os pontos de ancoragem também pode ser adicionado às linhas (a partir do menu do botão direito do mouse), depois que outras linhas podem ser ligados a ele.</ p>
Criação de Curvas, Linhas e Linhas de Cotovelada Composta
Por motivos de layout e para representar adequadamente interações biológicas, linhas curvas ou uma cotovelada às vezes são ideais. Para criar uma linha curva ou uma cotovelada, primeiro crie uma nova linha, selecionando o objeto da linha da barra de ferramentas e soltá-lo na tela. Botão direito do mouse na linha e no tipo de linha, selecione a curva ou cotovelo. A opção Curved vai produzir uma linha curva, com bordas lisas, enquanto que a opção Elbow vai criar uma linha curva com 90 arestas grau. Para posicionar a linha, coloque os pontos finais para os objetos desejados, conforme descrito acima. O formato da linha curva ajusta automaticamente para ajustar o layout dos objetos que você está se conectando. Você também pode alterar o formato da linha manualmente, arrastando os pontos de passagem (diamantes azuis) na linha.
| Elbowed line |
|---|
|
| Anchored line |
|---|
|
Menu Clique com o Botão Direito
Botão direito do mouse em qualquer lugar da prancheta ou em um objeto irá abrir o menu do botão direito. Algumas opções de menu são universais, e alguns comandos dependem do tipo de objeto que você clicar.
- Delete: Apaga o objeto selecionado
- Selecionar tudo: Seleciona todos os objetos na via
- Selecionar todos os objetos base de dados: Seleciona todos os objetos base de dados na via, que é qualquer objeto anotado como genes, proteínas, produto do gene, complexos ou RNA.
- Adicione âncora: Adiciona um ponto de ancoragem para uma linha, para conexão com outros objetos.
- Tipo de Âncora> Circle: Apresenta a linha de âncora como um círculo. Esta opção de menu está disponível apenas para uma linha de âncora do objeto.
- Âncora> Nenhum tipo: Apresenta a linha de âncora como um pequeno quadrado. Esta opção de menu está disponível apenas para uma linha de âncora do objeto.
- Linha tipo> Curvo: Cria uma linha curva, que pode ser personalizada de forma ligando os pontos finais a objetos e arrastando os pontos de forma na linha. pontos de forma aparecem como formas do diamante azul na linha curva.
- Linha tipo> Elbow: Cria uma linha de cotovelo, que pode ser personalizada de forma ligando os pontos finais a objetos e arrastando os pontos de forma na linha. pontos de forma aparecem como formas do diamante azul na linha curva.
- Linha tipo> Direto: Cria uma linha reta.
- Ordem> Trazer para frente: Coloca o objeto selecionado para frente
- Ordem> Enviar para trás: Envia o objeto selecionado para o fundo
- Ordem> Trazer para frente: Traz o objeto selecionado para frente de uma camada
- Ordem> Enviar para trás: Envia o objeto selecionado para trás uma camada
- Adicionar referência da literatura: Referências bibliográficas podem ser adicionados por qualquer objeto, inserindo um PMID ou digitando manualmente as informações sobre os autores, revista, etc
- Propriedades: Comentários, Literatura e Anotação dos objetos podem ser visualizados e editados através da janela Propriedades.
Salvar para WikiPathways.org
Você pode salvar seu caminho diretamente para WikiPathways clicando no botão "Salvar o caminho para WikiPathways.org" 
botão na barra de ferramentas
Edição de Campos de Textos
Os campos de texto na página Caminho é editado como qualquer outro texto em um wiki. Consulte a WikiMedia site para mais detalhes sobre a formatação.
Descrição
Cada página Caminho inclui a secção Descrição um, que contém informações sobre o processo biológico descrito na via. A descrição pode ser editada clicando no link Editar à direita da seção de descrição.
Bibliografia
Cada página Caminho inclui seção Bibliografia a, projetado para armazenar informações de referência relevantes para o caminho. Ao editar um caminho no editor, quaisquer referências a publicações, livros e sites podem ser acrescentadas a esta secção com o botão direito do mouse em qualquer objeto na via e selecionando Add ou Edit do Literatura menu. Detalhes sobre como incorporar referências na literatura podem ser encontrados aqui.
Categorias
Cada via é classificada em uma ou várias categorias, listados em categorias. A atribuição da categoria pode ser editado ou novas categorias adicionadas ao caminho clicando no link Editar à direita da seção Categorias.
Criar um novo caminho
Você pode criar um novo caminho na WikiPathways clicando no botão Criar novo caminho link no painel de navegação do lado esquerdo de cada página. Para mais detalhes sobre como criar um novo caminho, consulte a Novo Colaborador Quickstart guia.
