Help:Portuguese:Tutoriais:Etapa 3
From WikiPathways
(Via das Proteínas do Relógio Circadiano) |
(→As proteínas da via relógio circadiano) |
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| - | Uma boa maneira de começar a desenhar o caminho é acrescentar as proteínas. Em uma via WikiPathways, todas as entidades biológicas com uma anotação são armazenados como | + | Uma boa maneira de começar a desenhar o caminho é acrescentar as proteínas. Em uma via WikiPathways, todas as entidades biológicas com uma anotação são armazenados como um DataNode. A DataNode podem ter tipos diferentes, neste caso, escolher o tipo ''produto do gen''. Para adicionar um gene produto clique no {{TutorialImage | newgeneproduct.gif}} ''gene produto'' botão, clicando em seguida na área de desenho sobre o local que você deseja que o elemento seja adicionado. Repita este procedimento para adicionar 6 gene-produtos. Seu caminho agora é algo como isto: |
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| - | Neste diálogo, você precisa definir o identificador de fonte de dados e um rótulo de texto que será exibido no caminho. Você pode preencher manualmente esses valores ou pesquisar no banco de dados de sinônimos. Para procurar uma anotação, | + | Neste diálogo, você precisa definir o identificador de fonte de dados e um rótulo de texto que será exibido no caminho. Você pode preencher manualmente esses valores ou pesquisar no banco de dados de sinônimos. Para procurar uma anotação, preencha o termo de busca e pressione o botão de pesquisa. Se não houver resultados, você pode selecionar o identificador / base de dados que você quer usar e será automaticamente preenchido os campos na ''entrada manual'' . O texto que você digitar no campo ''rótulo do texto'' será exibido no caminho e não afeta a anotação. |
| - | Depois de anotar um DataNode, você pode clicar sobre o DataNode para ver se está corretamente | + | Depois de anotar um DataNode, você pode clicar sobre o DataNode para ver se está corretamente anotado. O identificador pode ser encontrado no banco de dados, a informação de anotação vai aparecer no Verso ''guia do painel lateral'': |
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| - | {{ TutorialHint | Se você tentar procurar Bmal1, você vai perceber que ele não é encontrado. Isto porque este gene em particular tem dois nomes sinônimos (Bmal1 e Arntl1), mas apenas este último está armazenado no banco de dados interno. No entanto, uma vez que temos um ID válido Ensembl ainda podemos anotar este gene manualmente. Basta preencher o ID Ensembl e Bmal1 nos campos. Você pode verificar o Verso para confirmar a entrada manual de referência cruzada.}} | + | {{ TutorialHint | Se você tentar procurar Bmal1, você vai perceber que ele não é encontrado. Isto porque este gene em particular tem dois nomes sinônimos (Bmal1 e Arntl1), mas apenas este último está armazenado no banco de dados interno. No entanto, uma vez que temos um ID válido Ensembl ainda podemos anotar este gene manualmente. Basta preencher o ID Ensembl e Bmal1 nos campos. Você pode verificar o Verso para confirmar a entrada manual de referência cruzada. è importante definir datanode que é uma entidade em um caminho que pode conter dados, como uma caixa gene ou uma caixa de metabolito.}} |
{{Template:TutorialNavigate|4}} | {{Template:TutorialNavigate|4}} | ||
Revision as of 14:15, 28 March 2011
As proteínas da via relógio circadiano
| Adding a gene-product |
Este percurso é formado por interações entre as proteínas seguinte:
| Name | Identifier | Database |
|---|---|---|
| Bmal1 | ENSMUSG00000055116 | Ensembl |
| Clock | ENSMUSG00000029238 | Ensembl |
| Cry1 | 12952 | Entrez Gene |
| Cry2 | 12953 | Entrez Gene |
| Per1 | ENSMUSG00000020893 | Ensembl |
| Per2 | ENSMUSG00000055866 | Ensembl |
Uma boa maneira de começar a desenhar o caminho é acrescentar as proteínas. Em uma via WikiPathways, todas as entidades biológicas com uma anotação são armazenados como um DataNode. A DataNode podem ter tipos diferentes, neste caso, escolher o tipo produto do gen. Para adicionar um gene produto clique no http://svn.bigcat.unimaas.nl/wikipathways/trunk/wpi/images/tutorial/ newgeneproduct.gif gene produto botão, clicando em seguida na área de desenho sobre o local que você deseja que o elemento seja adicionado. Repita este procedimento para adicionar 6 gene-produtos. Seu caminho agora é algo como isto:
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Anotação de DataNodes
| Annotate a datanode |
Agora você está começando anotar o DataNodes e definir um rótulo de texto adequado. DataNodes podem ser anotados usando um identificador disponível datasources. Um percurso com DataNodes anotada tem várias vantagens:
- Informações detalhadas sobre a entidade está diretamente disponível no backpage panel
- A página fornece links de vias diretos para informação estendido no website para anotação na base de dados (e.g. Ensembl)
- O caminho pode ser usado para a análise computacional, por exemplo, visualização com GenMAPP ou estatísticas com Eu.gene ou MAPPFinder
Para anotar um DataNode, vá para a aba anotações na janela de propriedades, clicando duas vezes no DataNode ou escolha 'propriedades' no menu do botão direito. Abaixo está um screenshot da janela de anotações:
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Neste diálogo, você precisa definir o identificador de fonte de dados e um rótulo de texto que será exibido no caminho. Você pode preencher manualmente esses valores ou pesquisar no banco de dados de sinônimos. Para procurar uma anotação, preencha o termo de busca e pressione o botão de pesquisa. Se não houver resultados, você pode selecionar o identificador / base de dados que você quer usar e será automaticamente preenchido os campos na entrada manual . O texto que você digitar no campo rótulo do texto será exibido no caminho e não afeta a anotação.
Depois de anotar um DataNode, você pode clicar sobre o DataNode para ver se está corretamente anotado. O identificador pode ser encontrado no banco de dados, a informação de anotação vai aparecer no Verso guia do painel lateral:
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Note: Se você tentar procurar Bmal1, você vai perceber que ele não é encontrado. Isto porque este gene em particular tem dois nomes sinônimos (Bmal1 e Arntl1), mas apenas este último está armazenado no banco de dados interno. No entanto, uma vez que temos um ID válido Ensembl ainda podemos anotar este gene manualmente. Basta preencher o ID Ensembl e Bmal1 nos campos. Você pode verificar o Verso para confirmar a entrada manual de referência cruzada. è importante definir datanode que é uma entidade em um caminho que pode conter dados, como uma caixa gene ou uma caixa de metabolito.
