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From WikiPathways
Estes tutoriais explicam como criar um caminho em WikiPathways, utilizando a via do relógio circadiano como exemplo.
A Via do Relógio Circadiano
O relógio circadiano é um mecanismo molecular que mantém ritmo de 24 horas da pilha molecular dirigindo a expressão rítmica de uma ampla gama de genes envolvidos na fisiologia, metabolismo e comportamento. Neste tutorial, você vai desenhar uma versão simplificada da via, restringindo a MPER / feedback mCry.
Passo a Passo para Desenhar a Via do Ciclo circadiano
As páginas a seguir mostram o passo-a-passo como desenhar uma versão simplificada da via do relógio circadiano, como descrito na seção acima.
- Passo 1: Entrar no Tutorial WikiPathways
- Passo 2: Tutorial: Criar um novo caminho
- Passo 3:: Tutorial As proteínas do relógio circadiano caminho
- Passo 4: Tutorial: Ilustrar a caixa de E-potenciador
- Passo 5:: Tutorial Relógio e Bmal1 dimerização e ligação para a caixa de E-elemento
- Passo 6:: Tutorial genes-alvo ativados pela caixa de E-elemento
- Passo 7: Tutorial: O feedback negativo loop
- Passo 8:: Tutorial Draw localizações celulares
- Passo 9:: Tutorial: Adicionando bibliografia
- Passo 10:: Tutorial: Adicionando uma descrição
- Passo 11: Tutorial: Adicionando uma etiqueta de curadoria
Tutoriais Avançados
Uso do Caminho do Relógio Circadiano em GenMAPP
O próximo tutorial mostra como usar o caminho que você criou para visualizar os dados experimentais com GenMAPP.
Extensão de Vias e layout usando Cytoscape
Cytoscape é uma ferramenta para visualização e análise de rede. Nos tutoriais a seguir, vamos destacar algumas das funcionalidades Cytoscape que é relevante para os percursos utilizados em WikiPathways. Para tutoriais de outros recursos Cytoscape, consulte o Cytoscape wiki. Os tutoriais a seguir mostram dois plugins de trabalho, o Agilent Literature Search plugin e o Bubblerouter plugin.
Analisando Dados com PathVisio
Esses tutoriais mostram como usar as vias WikiPathways em PathVisio.
Termos Comumente Usados
- Sidepanel (painel ao lado)
- O painel que contém Propriedades e separadores do verso (1B ver imagem).
- Área de Desenho
- A área em que o caminho é desenhado (1A ver imagem).
- Tabela de propierades
- A mesa onde você pode editar as propriedades do objeto selecionado (s). A tabela de propriedade está localizada no painel ao lado sob a guia chamada 'Propriedades'.
- Verso navegador
- um painel que dá informações detalhadas sobre a anotação DataNode selecionado. O navegador Verso está localizado no painel ao lado sob a aba chamada 'Verso'.
- Barra de ferramentas
- Ver 1C screenshot.
- Infomações
- Exibe informações sobre a via (ver imagem 1D).
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| Screenshot 1: the editor applet |
